Ну, обычно в формате той верстальной программы, в которой и версталась книжка...
Технология тут такая: сдается текст (в любом текстовом редакторе - doc, rtf, txt и т.п.) и, если необходимо, иллюстрации - фото, чертежи, схемы... Де-факто для графических файлов в типографиях только два формата - для битовых - tiff, для векторных - eps.
Далее всё это собирается в верстальной программе (PageMaker, QuarkExpress, InDesign, Ventura...). Получается макет книжки. Который и отправляется в конечном итоге в архив...
А для того, чтобы книгу напечатать, из верстальной программы, в которой сверстана, вычитана, откорректирована и утверждена книга, пишется специализированный файл - postscript, .ps... На этом работа верстальщика заканчивается. А далее вот этот файл уже используется в дальнейшей технологической цепочке - в действие вступают специалисты pre-press... Они из этого постраничного файла делают спуск полос (когда на одном листе в определенном порядке располагаются несколько страниц будущей книги), затем эти файлы выводятся или на фотовывод, на пленку (старая технология, с пленок затем делают пластины для печатной машины), или сразу, по технологии CtP (Computer-to-Press), на пластины. А с пластин уже на печатной машине и делается тираж... Вот такое кратенькое описание технологической цепочки.
Ну, а сами файлы книг, как я уже написал, в формате верстальной программы пишутся на диск, а затем - в архив...

Угу , все как написано выше , плюс последнее время разленились и часто держат полученный с этого PDF.

"съесть-то он все это съесть, да кто ж ему все это дасть?" (с)
Ежели что и лежит на серверах издательства (в смысле верстки), так только самые последние вещи, которые в данный момент находятся в работе... Затем, когда книга полностью сверстана, утверждена, и файлы переданы в типографию, книга обычно переписывается на болванку и хранится на ней... Конечно, может быть в издательствах, специализирующихся на худ. литературе и по-другому, поскольку голимый текст в верстальной программе тоже не очень много места занимает, но я вот буквально на днях закончил первый том медицинского атласа, так у меня верстка плюс линки занимает почти 7 Гигов... И это только один том! А сколько таких книг у издательства разом? Ни один сервер не выдержит... Поэтому - в архив, на диски...