Что же касается теории, то: для примечаний и для комментариев в формате fb2 предусмотрено два разных body (самое крупное деление файла). И инструменты FBE позволяют выбирать при оформлении сноски - примечание это или комментарий (внешне они отличаются формой скобок: квадратный для примечаний и фигурные - для комментариев), помещая их автоматически в нужный раздел.
Но тут возникает проблема с читалками. Не все читалки видят body "Комментарии". А если видят, то не позволяют вернуться после прочтения обратно в текст.
В общем, есть проблемы с чтением книг, содержащих body "Комментарии".

Посему после долгих дебатов каждый верстальщик выбирает, как поступать в каждом конкретном случае.
Я, например, делаю так:
Если комментарии не слишком обширны и служат (схоже с примечаниями) расшифровке отдельных мест в тексте, объединяю примечания и комментарии в один раздел - body "Примечания", в заголовке которого пишу "Примечания и комментарии (от имярек)".
Если комментарии обширны и посвящены истории написания книги, или её различным изданиям, или толкованию смысла и пр., делю примечания и комментарии на два раздела с соответствующими заголовками. В самом первом случае, где встречается ссылка на комментарий, ставлю сноску-примечание с текстом типа "комментарии, отмеченные цифрами в фигурных скобках, см. в конце книги". Это для того, чтобы читатели, вне зависимости от используемой читалки, знали о существовании комментариев и могли к ним обратиться.

Я ответила на Ваш вопрос? :)